本中心的組織架構，設置主任一人，下設人文藝術、社會科學以及自然科學等三個教學小組，各組分設召集人，協助推動各項課程規劃與教學事務；其中人文藝術組包含國文教學，並與基礎能力教學中心負責之英文、資訊教學為本校必修之共同課程。另設行政助理一人，協助各項行政工作。本中心附設「性別與婦女研究中心」，提升性別研究風氣並落實校園性別平等教育。師資結構方面，本中心現有十四位專任教師，包括有教授六位、副教授三位、助理教授二位，另有專案教師二位以及本校合聘教師與校外兼任教師二十餘位。(原有「澎湖地方研究中心」104.11.12業經行政會議通過改隸屬為院級附設單位。104.11.26修訂)

通識教育中心

  主任：鍾怡慧教授

  專案書記：李淑欣

人文藝術組 

  專任教師：姜佩君副教授、陳禮彰副教授、洪藝芳教授、洪櫻芬教授、鍾怡慧教授、王璟副教授

  專案教師：胡蘊玉助理教授、陳瑞鴻助理教授

社會科學組

  專任教師：蔡明惠教授、王明輝教授、林寶安教授、陳昱名助理教授

  專案教師：

自然科學組

  專任教師：洪國瑋助理教授

  專案教師：