本中心的組織架構，設置主任一人，下設人文藝術、社會科學以及自然科學等三個教學小組，各組分設召集人，協助推動各項課程規劃與教學事務；其中人文藝術組包含國文教學，並與基礎能力教學中心負責之英文、體育、資訊教學為本校必修之共同課程。另設行政助理一人，協助各項行政工作。本中心附設「性別與婦女研究中心」，提升性別研究風氣並落實校園性別平等教育。師資結構方面，本中心現有十位專任教師，包括有教授五位、副教授三位、助理教授二位，另有專案助理教授一位以及本校合聘教師與校外兼任教師十餘位。(原有「澎湖地方研究中心」104.11.12業經行政會議通過改隸屬為院級附設單位。104.11.26修訂)